Le jeu Fairy Tail dispose d’un gameplay relativement simple pour le genre, mais celui-ci dispose de quelques mécaniques qui lui donne du caractère. Pas forcément unique en son genre, le jeu adopte un système de tour par tour avec un système de damiers pour attaquer les ennemis. Ce damier est important, puisque les différentes techniques de nos mages préférés permettent d’attaquer sur un nombre de cases bien précises (carré, diagonale, ligne droite, croix, etc…). Vous disposez également de ce qu’on pourrait appeler un « coup ultime », représenté par une jauge qui se remplit lorsque vous donnez des coups à l’adversaire, vous permettant de faire un enchaînement de techniques (le nombre est aléatoire). Vous disposez en guise d’équipement, d’un système de Lacrima que vous pouvez crafter et obtenir dans des coffres ainsi qu’à la fin de certains combats par exemple. Celui-ci vous permet simplement d’augmenter vos statistiques, ajouter des effets à vos attaques et d’autres divers passifs. Quand vous augmentez de niveau, vous gagnez des augmentations de statistiques aléatoires, mais également parfois des améliorations de technique.
Le QG de la guilde est améliorable sur plusieurs points et certaines parties se débloquent en avançant dans l’histoire. Vous pouvez partager les points d’expériences obtenus avec les personnages qui ne sont pas dans l’équipe principale. Tout comme dans l’histoire principale, vous pouvez partir à l’aventure en réalisant des quêtes. Ces dernières sont classées par rangs représentés par des lettres.
Malheureusement, le jeu permet de ne sélectionner qu’une seule quête à la fois. Fort heureusement, le jeu dispose d’un bon système de voyage rapide et de très peu de chargements. Certaines quêtes vous obligeront à jouer avec certains personnages. D’ailleurs, en parlant de personnages, sachez qu’il y a 16 personnages jouables ainsi que 4 autres via des DLC payants.